Program Studi Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD) berdiri pada akhir tahun 2012 sesuai Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 2866 Tahun 2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Strata Satu (S1) pada Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Salatiga. Program Studi PIAUD pada awalnya bernama Program Studi Pendidikan Guru Raudhatul Athfal (PGRA). Program Studi ini mendapatkan izin pendirian bersamaan dengan tiga program studi lain di IAIN Salatiga (saat itu masih STAIN Salatiga). Ketiga program studi itu adalah Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT), Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI), dan Sejarah dan Kebudayaan Islam (SKI).
Pendirian Program Studi PIAUD dilatarbelakangi oleh tuntutan pemerintah yang mengharuskan bahwa setiap guru pendidikan anak usia dini (PAUD) diwajibkan telah lulus S-1. Sementara, di sekitar IAIN Salatiga diperoleh data bahwa saat itu masih banyak guru PAUD yang belum berpendidikan sesuai dengan harapan pemerintah. Walhasil, pimpinan IAIN Salatiga merapatkan barisan sehingga SK pendirian pun terbit pada 28 Desember 2012.
Nama PGRA berubah menjadi PIAUD atas dasar Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 3517 Tahun 2016 tentang Penyesuaian Nomenklatur Program Studi pada IAIN Salatiga. Perubahan itu juga disertai dengan perubahan gelar bagi lulusan. Jika sebelumnya PGRA bergelar S.Pd.I, maka lulusan PIAUD akan menyabet gelar S.Pd. Program Studi PIAUD mulai menerima mahasiswa baru pada Tahun Akademik 2013/2014. Eksistensi Program Studi PIAUD telah melahirkan empat era kepemimpinan. Pertama, pada 2013-2016 Program Studi PIAUD dipimpin oleh Wahidin, M.Pd. sebagai Ketua Program Studi. Kedua, pada 2016-2019, Program Studi PIAUD dipandegani oleh Dra. Siti Asdiqoh, M.Si. Ketiga, 2019-2023, Program Studi PIAUD diketuai oleh Imam Mas Arum, M.Pd. Keempat, Muhammad Rozikan, M.Pd. memimpin PIAUD pada 2023-2024. Program Studi PIAUD terakhir diakreditasi pada 2022 dan mendapatkan nilai Unggul.