| Tata hubungan antar organ di FTIK UIN Salatiga dapat dijelaskan dari struktur dengan mengacu prinsip utama yaitu (1) secara vertikal dari Rektor ➔ Dekan ➔ Wakil Dekan/Kabag TU ➔ Kasubbag/Kaprodi; (2) Koordinasi horizontal: Antar Wakil Dekan sesuai bidang; Ketua Prodi dengan Kasubbag terkait; (3) Lini staf: Kepala Bagian TU mendukung administratif seluruh organ fakultas; dan (4) Penjaminan mutu: Ketua GJMF terhubung ke Dekan dan unit penjaminan mutu universitas |
| Secara detai tata hubungan antar organ dideskripsikan sebagai berikut : |
| Level | Jabatan | Hubungan dan Tugas Utama |
| 1 | Rektor | Pimpinan universitas, membawahi langsung para Dekan. |
| 2 | Dekan | Pimpinan fakultas, bertanggung jawab kepada Rektor; membawahi Wakil Dekan, Kabag TU, Kaprodi, Ketua GJMF. |
| 3 | Wakil Dekan I | Membantu Dekan dalam bidang akademik, penelitian, dan pengabdian. |
| 3 | Wakil Dekan II | Membantu Dekan dalam bidang administrasi umum, kepegawaian, keuangan, perencanaan. |
| 3 | Wakil Dekan III | Membantu Dekan dalam bidang kemahasiswaan, alumni, dan kerjasama. |
| 4 | Kepala Bagian Tata Usaha (Kabag TU) | Membantu Dekan dalam pengelolaan administrasi fakultas; membawahi Kasubbag. |
| 5 | Kasubbag Administrasi Umum dan Keuangan | Di bawah Kabag TU; mengelola administrasi kepegawaian, perlengkapan, kerumahtanggaan, keuangan. |
| 5 | Kasubbag Akademik, Kemahasiswaan, dan Alumni | Di bawah Kabag TU; mengelola administrasi akademik, kemahasiswaan, dan alumni. |
| 3 | Ketua Program Studi (Kaprodi) | Berkoordinasi langsung dengan Dekan dan Wakil Dekan I dalam pengelolaan prodi. |
| 3 | Ketua GJMF | Berkoordinasi dengan Dekan dan Wadek I; memimpin penjaminan mutu fakultas. |
